Алия правил Албанией до 1992 года, когда, в результате народных волнений был вынужден сложить с себя полномочия.

После этого его обвинили в превышении полномочий и других преступлениях, осудив на девять лет лишения свободы. Позднее срок сократили до пяти лет.

В 1997 году он сбежал из заключения и перебрался жить в Швецию. Позднее албанские власти освободили его от необходимости досиживать срок и позволили вернуться на родину, где он и доживал свои дни.